저패니움 광석에서 채취할 수 있는 수퍼 에너지 광자력. 그 광자력을 노리고 세계 정복을 꾀하는 닥터 헬이 카부토 박사가 관리하는 광자력 연구소를 습격해 오고, 주인공 카부토 코지는 할아버지 카부토 쥬조가 만든 수퍼로봇 마징가 Z를 타고 싸우게 된다. 그에 맞서 닥터 헬은 부하인 아수라 남작, 브로켄 백작과 함께 바도스 섬에서 발굴된 기계 괴물인 기계수를 타고 코지의 앞을 가로막는다. 사실 이 싸움의 이면에는 카부토 일족과 닥터 헬 간의 깊은 악연, 미케네 문명과 바도스 섬의 수수께끼를 비롯하여 마징가 Z의 비밀 등 수많은 수수께끼들이 복잡하게 얽혀 있었는데...