일본 남쪽에 위치한 섬 남십자(南十字)도. 어느 날 밤, 섬의 해변에 츠나시 타쿠토라는 이름의 소년이 섬에 헤엄쳐 찾아온다. 일본 본토에서부터 헤엄쳐 온 이상한 소년 타쿠토는 섬의 학교 남십자 학원 고등부에 입학하여 타고난 밝고 적극적인 성격으로 학원의 학생들과의 교류를 맺어간다. 한편 학원의 지하에는 사이바디라고 불리는 거대한 구조물이 다수 존재하여 학생들은 각각 사이바디에 관련된 비밀을 가지고 있었으며 그리고 그것은 타쿠토 본인도 예외는 아니었는데….