유명 라이더 팀 레드선즈가 스피드 스타즈에게 교류전을 제안한다. 연습 경기에서도 실력 차이가 나자, 레드선즈는 2군을 경기에 보내려 하지만, 고물 자동차로 레드선즈의 사기를 꺾어놓는 라이더가 등장한다. 각 지역의 고개 도로들을 거점 삼아 군웅할거하는 라이더들. 이들은 매일 밤 자기 홈에서, 그리고 원정지에서 피가 끓는 배틀을 벌이고 있다. 지금 그 세계에 80년대 구형 모델인 AE86이 새로운 전설을 써내려가려 하고 있었다. 그 AE86 드라이버는 아직 고3에 불과한 두부집 아들 후지와라 타쿠미.

이니셜D 애니메이션의 제2기이자 TV 애니메이션 2기 작품. 료스케와의 대결 이후 공도 레이싱에 본격적으로 눈을 뜬 타쿠미가 아키나 이외의 고갯길에서 강자들과 대결하는 스토리를 다루고 있다. 전 13화. 방송은 1999년 10월에 실시되었으며 방송사는 First Stage와 동일하다. 스도 쿄이치와의 1차전(86의 무리한 주행으로 인한 엔진 블로우)이후 86이 본격적으로 공도 레이싱에 뛰어드는 과정까지를 다루고 있으며, 클라이맥스는 86 vs 86(트레노 vs 레빈)의 대 아키야마전까지를 다루고 있다. 5년의 자동차 두부 배달로 뛰어난 드라이빙 테크닉을 몸으로 익힌 후지와라 타쿠미. 공도 레이싱의 세계에 눈을 뜬 그는 아키나 고개를 넘어 본격적인 레이싱 배틀에 뛰어든다.

사회인이 된 후지와라 타쿠미의 새로운 도전, 관동지역 제패를 위해 조직된 프로젝트 D의 배틀이 시작된다. D의 다운힐 에이스로서 팀의 이름을 걸고 각지의 강자들과 배틀하는 가운데, 타쿠미는 점점 성장해 간다.

관동 제패를 위한 프로젝트 D의 마지막 원정지는 라이더의 성지로 불리는 최대의 난관 카나가와. 후지와라 타쿠미와 그의 팀원들은 새로운 전설에 도전한다.

2014년 5월 16일 1,2부가 방송되고, 6월 22일 3,4부가 방송된 총 4부작으로 이니셜D의 애니메이션의 완결편이다. Fifth Stage를 이어서 타쿠미와 신지의 카나가와 원정 최종전을 주제로한다. 프로젝트 D의 카나가와 마지막 레이스 이야기. 전승 무패 행진의 후지와라는 마지막 레이스에서 같은 AE86을 타는 천재 드라이버이자 최강의 적인 신지를 만나 최대의 위기를 맞는다.