3명의 히어로 고버스터즈와 그들의 파트너인 버디로이드. 그들밖에 할 수 없는 지구를 지키는 사명="특명"을 지닌 그들의 운명적인 싸움이 시작된다! 격전의 무대는 지구, 일본과 닮은 다른 세계. 13년 전의 사건이 모든 것의 발단이 되었다. 우연히 생겨난 버그와도 같은 프로그램이 전송 연구센터의 메인 컴퓨터를 점거하여 폭주를 시작했다. 버그는 어찌어찌 건물채로 다른 공간으로 날아가 무사히 폭주는 끝나게 되었다. 그리고 13년 후, 신서력 2012년. 에네트론이 없으면 살아갈 수 없는 시대가 되어버린 현재. 아공간으로 날아가버린 버그가 다시 한 번 지구 침략을 개시하였다. 그에 맞설 수 있는 것은 13년 전 전송 연구센터로부터 빠져나온 3명의 아이들. 그리고 그들과 행동을 같이 했던 버디로이드들……. 인간의 능력을 뛰어넘은 특수능력을 손에 넣은 그들이야말로 특명전대 고버스터즈인 것이다!