2002년의 미래세계. 세계 제패를 노리는 '존 총통' 휘하의 범죄조직 네오 블랙단이 인류를 상대로 선전포고를 한다. 가네다 탐정사무소를 설립한 왕년의 히어로 가네다 쇼타로는 '초전동 시스템'을 도입한 최신예기 '철인 28호 FX'를 완성, 그 조종자의 양성에 전념하고 있었다. 네오 블랙단의 갑작스런 습격으로 위기에 처한 월드 로봇 콘테스트 회장에 정체 모를 소년이 난입하여 철인 28호 FX를 조종, 적을 물리치고 보는 이들을 놀라게 한다. 그 소년이야말로 수년 전에 행방불명되었다가 돌아온 쇼타로의 아들 가네다 마사토였다. 지금, 새로운 철인 전설이 시작되려 하고 있다!