평범한 고등학생 후카미 쇼우는 어느날, 교정 뒤에서 수상한 육각형의 물체를 발견하게 된다. 하지만 그때문인지 검은옷을 입은 괴한들에게 쫓기게 된 쇼우. 괴한들은 쇼우를 잡기 위해 이형의 괴물로 변신하고, 그에 놀란 쇼우는 육각형의 물체를 열었다가 기묘한 물체에 휩싸이게 된다. 이로인해 강식장갑 '가이버'로 변신하는 능력을 얻은 쇼우는 추격해오는 비밀조직 '크로노스'의 괴인 '조아노이드'들과 격전을 벌여나간다.