고등학교 3학년인 소년 아라라기 코요미는 3년간 한 번도 말을 해 본 적이 없는 같은 반 센조가하라 히타기의 비밀을 우연히 알게 된다. 그녀의 비밀은 다름 아닌 체중이라고 할 만한 게 거의 없다는 것이었다. 기이한 게를 만난 이후, 그 게에게 자신의 체중을 빼았겼다고 하는 히타기. 그녀의 얘기를 듣고 코요미는 자신도 과거에 비슷한 체험을 한 것을 기억하는데…….

봄 방학 흡혈귀와 관계한 이후로 주위에서 끊임없이 일어나는 괴이 사건들을 해결해온 나오에츠 고교 3학년 아라라기 코요미의 이야기를 그린 애니메이션

벌, 불사조의 괴이와 조우했던 여름방학이 끝나고 신학기를 맞이한 아라라기 코요미와 소녀들의 주변에는 또다시 괴이가, 혹은 그 이상의 위협들이 닥쳐오고 있었다. 하네카와 츠바사, 하치쿠지 마요이, 칸바루 스루가, 센고쿠 나데코, 오시노 시노부 그리고 센죠가하라 히타기. 그녀들의 독백과 고백, 그리고 이별. 새로운 여섯 개의 가 다시 시작된다.

고등학교 3학년을 지내고 있었던 10월, 아라라기 코요미는 칸바루 스루가로부터 1학년 전학생, 오시노 오우기를 소개받는다. 코요미에게 상담할 게 있다는 오우기. 오우기는 나오에츠 고등학교의 도면을 작성하면서 기묘한 일이 있었다고 말을 꺼낸다. 그걸 계기로, 코요미의 고교 생활을 결정 지은, 그대로 묻혀버릴 예정이었던 이야기가 드러나게 된다. 이것은 아라라기 코요미가「무엇」으로 되어 있는가에 대한 이야기. 이것은 모든 것의「시작」을 알게 되는 이야기.

고등학교를 졸업하고 아라라기 코요미의 이야기는 끝을 맺었다. 이번에야말로 정말로 끝났다.하지만 코요미가 구한 그녀들의 이야기는 끝나지 않았다.청춘 속에서 발버둥 치는 그녀들의 전일담, 혹은 후일담....