원호가 '平誠'으로 바뀐지 20년이 지난 21세기 초의 대일본국. 쇄국은 풀렸지만 도쿠가와 막부의 치세는 계속 되어, 도쿠가와 요시코우가 제25대 쇼군의 자리에 올랐다. 영봉 후지산의 밑에 세워진 거대 교육기관 부오우 학원 기숙사에서는 학생회 집행부가 '도요토미 사냥'이라는 명목하게 도쿠가와에 반항하는 반란분자라 인정된 학생들에 대한 탄압이 계속되었고, 거기에 대한 불만만 강해지고 있었다. 아버지가 실종된 후, 학생이면서 학교 시설인 야규도장의 사범대를 맡고 있는 야규 무네아키라는 집행부의 도요토미 사냥에 의문을 품고 거리를 두고 있었으나, 학생회가 야규 도장을 넘길 것을 명하게 된다. 그 기일이 가까워진 어느날 밤, 무네아키라가 평상시처럼 도장에서 수련을 하고 있을 때 갑자기 천장에 구멍을 뚫고 두 자루의 검을 지닌 전라의 미소녀가 떨어졌다. 자신을 '야규 쥬베이 미츠요시'라고 소개하는 그 소녀는 도장을 습격한 풍기 위원회의 시노비 군단을 화려한 검술로 격퇴하지만, 그 후에도 무네아키라 앞에 계속해서 역사상의 무인의 이름을 물려받은 미소녀들이 나타난다.