재능있지만 태평한 경찰 제이크가 원칙주의자인 새 반장을 만나 고군분투하는 코믹 경찰 드라마.

제이크는 관할서의 첩자를 적발하고, 에이미는 홀트가 맡은 과거 사건에서 문제점을 발견한다. 그리고 관할서에서 대테러 훈련이 실시된다.

싹 바뀐 99 경찰서. 먼저, 죽이는 '유머' 장착한 새 서장님이 왔다. 그런데 오늘따라 홀트 서장이 미치도록 그립네? 그리고 에이미와 제이크, 모두가 다 아는 비밀 연애 개시!

희대의 악당을 피해 플로리다에서 은둔한 지도 어느덧 6개월. 허구한 날 뉴욕 타령인 제이크와 달리, 홀트는 새 신분을 꽤 즐기는 눈치인걸? 한편 브루클린에 남은 팀원들도 독특한 새 서장 밑에서 달라진 삶에 적응하느라 정신없다.

천하에 억울한 누명을 쓰고 교도소에 갇혔던 제이크와 로사. 마침내 큰집 생활을 청산하고 돌아왔더니, 일도 연애도 상황이 많이 달라졌다. 그래도 괜찮아. 천하에 옥살이보다 어려운 게 있겠어?

신혼여행에서 뜻밖의 인물과 마주친 제이크와 에이미. 이렇게 시작된 둘의 결혼 생활은 과연 평탄할 수 있을지. 경찰국장 자리를 놓친 홀트는 라이벌과 제대로 한판 붙고, 99팀은 언제나처럼 해결해야 할 사건 사고가 끊이지 않는다.

가족계획 때문에 고민인 제이크와 에이미. 강등 후 돌아 버리기 일보 직전인 홀트. 오랜 동료와 원수의 귀환까지 겹쳐, 오늘도 정신없이 돌아가는 이곳. 바로, 브루클린 99 관할 경찰서!