대화가 불가능한 외계 생명체, 가우나에 의해 파괴된 태양계. 간신히 살아남은 인류의 일부는 소행성을 선체로 한 거대한 우주선 시도니아에서 번식하며 우주를 여행하는 길을 택했다. 그로부터 약 1000년의 시간이 흐른 서기 1009년, 시도니아 출항. 최하층부에서 조용히 자란 소년 '타니카제 나가테'는 할아버지의 죽음을 계기로 도시로 나간다. 나가테는 인간형 거대 갑옷인 '모리토'의 조종사 훈련학교에 입학하게 되고, 그곳에서 처음으로 할아버지가 아닌 다른 인간을 만나게 된다. 나가테가 처음으로 이성으로 의식하게 되는 소녀, 호시지로 시즈카. 나가테의 첫 친구가 된 남자도 여자도 아닌 인간, 시나토세 이자나. 나가테의 활약에 짜증을 느끼는 소년, 쿠나토 노리오. 다양한 훈련생들과 함께 학교생활을 하던 중, 드디어 생도들에게 첫 임무가 주어진다. 그것은 결코 어려운 임무가 아니어야 했다. 100년 만의 위협에 직면한 인류는 과연 어떤 선택을 하게 될까? 인류의 생존을 건 싸움이 지금 시작된다.

대화할 수 없는 외계 생명체 '가우나'에 의해 태양계가 파괴된 지 1000년 후의 세계. 인류의 번식과 생산을 유지하며 우주를 떠돌아다니는 파종선 시드니아의 최하층부에서 자란 소년 타니카제 나가테는 할아버지의 죽음을 계기로 도시로 나와 인간형 거대 갑옷인 모리토의 조종사 훈련생으로 성장한다. 가상 훈련에서 쌓은 뛰어난 능력으로 시도니아를 덮친 수많은 위기를 구해내며 훈련생에서 정식 조종사가 된 나가테는 가우나와의 격전 중에 전우 호시시로 시즈카를 잃게 된다. 그리고 호시시로의 모리토 기체를 모방한 최강의 적인 ｢베니스즈메｣을 비롯한 가우나의 맹공격에 고전하면서도 소행성 충돌의 위기를 넘긴 시도니아는 가우나의 둥지를 없애기 위해 렘 항성계로 진로를 정하는데....