―그것은, 역사가 시작된 이래, 세계 각지에서 때때로 관측되어 온 것이었지만 그 해 국제연합총회에서 정식의제로서 상정되어 끝없이 미지에 가까운 존재로서 공식적으로 인정되었다. 국제평화유지를 위해 각국이 협조해 대처에 해당해야 할 인정특이재해 '노이즈'. 노이즈는 사람을 덮쳐 인간과 접촉하는 것으로, 탄소덩어리로 바꿔 분해해 버린다. 그에 반해, 통상물리법칙에 따른 공격은 최신·첨예를 자랑하고 있더라도, 노이즈에는 미미한 효과 밖에 발휘하지 못하고 인간은 단지 노이즈가 지나가 자취를 감추기를 기다리는 수밖에 없었다. 어떤 이는, 그런 노이즈를 '확실히 재해다'라고 말하고 또 다른 이는 사람만을 덮쳐서 탄소덩어리로 바꾸고 이윽고 노이즈 자신도 탄소덩어리로 붕괴되는 그 모습에 '타인을 말려 들게 하는 자살 충동 그 자체'라고 토로했다. 이야기의 무대는, 가까운 미래의 일본. 도쿄. 일본 정부는 공공에 드러낼 수 없는 몇가지 대응 수단을 갖고 있었다. 특이재해대책기동부 2과는 제2차 세계대전 시 구육군이 조직한 특무실 '카자나리 기관'을 전신으로 하는 국가 기밀기관. 일반적으로 대중에게 알려진 대책기동부 1과와 함께 특이재해 노이즈에 대한 피해 저지와 사태 수습을 담당하고 있지만, 결정적으로 다른 점이 하나 있었다. 심포기어 시스템― 천적 노이즈의 구축을 위해 인류가 갖고 있는 유일한 절대 비장의 카드의 보유와 그 행사이다. 심포기어 시스템을 몸에 두른 자만이 노이즈에 대한 효율적이고 유효한 공격 수단으로서 기능한다. 하지만, 기존의 기술체계와는 확연히 구분되는 이단 기술의 결정이기도 한 심포기어는, 노이즈를 섬멸시키는 동시에 강력한 무기이기도 하기 때문에 미국과의 안전보장조약이나 주변 각국에 대한 영향도 고려되어 현 정부여당의 판단에 의해 완전하게 은닉되고 있는 상태이기도 하다. 누구에게도 알려지는 일 없이 노이즈와 싸워 일상을 지키는 전사들이 아직 어린 소녀들인 것을, 그 정체가, 당대 톱의 보컬유닛인 '츠바이윙'의 2명 아모우 카나데와 카자나리 츠바사라는 것을 아는 사람은, 극히 소수이다. 타치바나 히비키와 코히나타 미쿠는 이번 봄부터, 사립 리디안 음악원 고등과에 다니게 되었다. 동경의 대상인 아티스트 카자나리 츠바사가 다니는 것으로도 알려져 있는 리디안 음악원에 다니는 것은, 히비키와 미쿠에게 있어서 기대이상의 기쁨이다. 그러나― 그것이 커다란 운명의 전환이 되리라고는, 아직 깨닫지 못하고 있었다. 각성의 고동은, 바로 거기까지 닥쳐오고 있었다.

카자나리 츠바사와 유키네 크리스, 그리고 타치바나 히비키. 운명에 농락당한 소녀들은 FG식 회천특기장속 '심포기어'를 몸에 두르고 많은 싸움과 수많은 오해를 거쳐 결전의 땅에 집결했다. 우뚝 솟은 카딩기르가 겨누고 있던 것은 바랄의 저주[11]로서 인류의 상호이해를 방해하는 거대한 감시장치 '달'. 인류사의 뒤편에서 수천년에 걸쳐 암약해온 무녀 피네의 목적은 달을 파괴하고 신화시대의 '통일언어'를 되찾는 것이었다. 그러나 달의 파괴는 중력균형의 붕괴를 초래하는 행성규모의 재난을 불러일으키게 된다. 다가오는 위협 '루나어택'에 대항해 목숨을 불태운 소녀들의 절창은 하늘에, 가슴에, 드높게 울려 퍼지는 것이었다. 그로부터 약 3개월 후. 격렬한 전투 끝에 이지러진 달이 내려다보는 세계에서, 이야기는 다시금 움직이기 시작한다. 복잡하게 얽힌 세계정세속에서 일본정부가 보유한 '심포기어 시스템'은 아직까지 각지에서 관측되고 있는 인정특이재해 노이즈에 대한 대책수단으로서 기밀의 일부가 공개되었음에도 그 장착자에 관해서는 감추어진 상태이다. 일상을 보장받은 상태로 미일공동연구에 참가하는 심포기어의 장착자들. 언젠가 노이즈가 초래하는 재난을 없애고 세계무대에서 노래하고 싶다고 꿈꾸는 츠바사. 주어진 장소의 포근함에 친숙해지지 못하고 혼란스러운 나날이지만 서서히 타인과의 접촉을 받아들이기 시작한 크리스. 성유물과의 융합을 이루어 신영장류라 칭해지면서도, 조금도 변함없이 취미인 사람 돕는 일에 매진하는 히비키. 각자가 각자의 현재를 살아가는 와중에, 하나의 임무가 주어진다. 특이재해대책기동부와 미국 연방성유물연구기관이 최우선조사대상으로 하고 있는 완전성유물 '솔로몬의 지팡이'를 미군의 이와쿠니 기지까지 운송하는 것. 미일 양국간의 협력체제가 확립된 지금, 이렇다할 문제 없이 잘 수행되어야 할 작전이었지만 새로운 적들은 어두운 폭풍속의 밤을 틈타 바로 앞까지 몰려오고 있었다. 활짝 열린 바빌로니아의 보물고로부터 몰려오는 노이즈의 대군. 이질적인 물리법칙이 불러오는 파괴의 불협화음이 울리고 꿰뚫어나가는 듯 소녀의 노랫소리가 울려퍼진다. '그 이름은, 궁니르' 성유물과의 융합 증례 제1호, 타치바나 히비키의 포효였다. 통솔된 움직임으로 쇄도하는 노이즈의 무리. 그 너머로 어른거리는 그림자 - 그리고 노랫소리. 새로운 국면은 소녀들의 피가 흐르는 노래와 노래의 격돌에 의해 막을 연다.

부서진 것을 고치는 이야기 일찍이― 융합증례로 불려왔던 소녀는 세계 종말의 위기에서 기적을 일으켜 궁니르의 심포기어에 적합하게 된다. 인류 존속이란 명목아래 행해지려 했던 도태― '프론티어 사변'이라 칭해지는 일련의 사건은 노래에 피를 흘리던 소녀들의 활약으로 종지부를 찍으나 새로운 이야기는 그로부터 얼마 지나지 않아 막을 올리게 된다. 하늘에서 호를 그리며 갈라져 고속으로 떨어지는 물체 그것은, 라그랑주점[7]에서의 대기권 밖 임무를 마치고 지구로 귀환하던 유엔 소속의 우주선이었다. 시스템 문제로 조종불능에 빠지고 이대로는 공중분해, 또는 지구와의 충돌을 피하지 못하는 긴급사태에 어찌하지 못하고 있는 각국 지도자들. 이제껏 두번에 걸쳐, 미증유의 위기에서 세계를 구해왔던 심포기어 주자들도 그 전력이 일본정부가 보유하는 군비로 다뤄지는 이상 설사 인도적차원의 지원이라도 국외에서의 활동은 불가능하기에 그저 대기할 뿐이었다. 그로부터 100일 남짓. 프론티어 사변 이후, 인정특이재해 '노이즈'에 관한 관측례는 없고 사건의 진실을 아는 이들 모두가 노이즈의 근절과 피해의 종식을 예감하고 있던 때 본부에서 모니터링하고 있던 후지타카 사쿠야와 토모사토 아오이는 노이즈와는 다른, 그러나 비슷한 반응파형을 확인한다. 장소는 요코하마항 오오산바시 부두 근처 그곳에는 작은 상자를 안고 도망치듯 달리는 검은옷의― '폐기물 11호 엘프나인' 의 모습이 있었다. 세계를 부수는, '노래'가 있다. 아직은, 이윽고 찾아올 그 위협을 눈치챈 사람은 없고 그저 여름 밤하늘에 붉은 먼지가 떠다닐 뿐이었다. 애니메이트TV 공개 요코하마항 오오산바시 부두 근처에서, 노이즈와는 다른, 그러나 매우 비슷한 반응 패턴을 확인한 걸로, 미지의 기술체계를 구사하는 전투집단이 히비키들을 막아선다. 전례가 없는 강적의 출연에 활동거점을 영국으로 옮겼던 츠바사도 서둘러 귀국하지만 반격의 실마리도 잡지 못한 채 주자들은 고전을 면치 못한다. 압도적으로 불리한 상황 속에서, 세계를 부수는 노래를 둘러싼 싸움이 시작된다.