이리야스필 폰 아인츠베른은 만화영화 속 마법소녀를 동경하는 평범한 초등학교 학생이다. 그러던 어느날 욕실에 이상한 물건이 들어오는데, 말을 한다?! 욕실에 들어온 이상한 막대기는 자신을 칼레이도스틱 매지컬 루비라고 소개하면서, 의붓오빠인 에미야 시로를 좋아하는 이리야의 심리를 이용해 강제 계약한다. 그리고 이로인해 이리야는 칼레이도스틱의 마법소녀가 되버리는데..........

마법소녀로써 지맥의 회복을 위해 7장의 클래스카드 회수의 임무를 무사히 마친 이리야와 미유. 임무는 끝났지만 매지컬 루비와 사파이어가 남아있는 덕분에 여전히 마법소녀인 이리야와 미유는 지각을 회피하는데 마법을 쓰는 등 즐거운 나날을 보내고 있었어야 했으나, '카드를 회수해도 지맥이 돌아오지않는다'라는 이유로 이번에는 칼레이도 스틱을 사용해 지맥을 확장 시키는 일에 불려나가는 마법소녀들. 이리야와 미유, 그리고 본래 책임자인 토오사카 린과 루비아젤리타 에델펠트는 지맥을 정상화 하기 위해 대공동으로 들어간다. 대공동에서 마력을 쏟아붓는 의식을 치르지만, 성공하나 했더니 갑자기 대실패로 엄청난 마력의 역류를 가진 백파이프가 발생! 마력의 역류로 인해 무너지는 대공동에서 거대한 바위가 머리 위로 떨어지는 순간 이리야는 본능처럼 다시 한 번 몽환소환(인스톨)을 실행한다. 하지만 이번에는 지난 번의 몽환소환과는 다르다. 이를 느끼고 돌아본 이리야의 눈에는 자신과는 다른 또 하나의 이리야가 그 자리에 있었다.

시작되는 이리야의 여름방학! 수영복, 축제, 바다! 이대로 즐거운 여름방학을 보내면 좋겠지만.. 클래스 카드를 모으는 마법소녀로써의 이리야는 아직 할 일이 남아있다. 쿠로와 집행자 바제트와의 일을 어떻게든 해결한 이리야지만 그런 이리야에게 나타난 건 존재할리 없는 제 8번째 클래스카드. 토오사카 린과 루비아젤리타 에델펠트는 8번째 클래스카드를 회수할 계획을 세우기 시작하는데.......

이런 시간이 계속되면 좋을 텐데...여덟 번째 클래스 카드에 깃든 영령과의 싸움을 마친 이리야 일행. 얼마 남지 않은 여름방학을 즐기기 위해 한껏 신이 나있었다. 그러나 이리야의 일상은 너무나도 쉽게 무너져 내린다. 그녀의 눈앞에 정체를 알 수 없는 그림자가 나타난다. 요동치는 시공 속, 어느 정도의 시간이 흐른 것일까. 눈을 뜬 이리야. 한여름이 한겨울로 뒤바뀐 세계. 그곳은 미유가 태어나 자란 '평행세계'였다. 소중한 것은 모두 지키겠어! 마법소녀의 이름을 건 평범하고도 장엄한 싸움이 시작된다!...