도쿄·긴자의 번화가에서 폭탄에 의한 폭발 사건이 일어난다.백주의 참극에 많은 사람이 연루돼 경시청 공안부에 소속된 구라키 경부의 아내 치히로가 희생돼 사망한다.계획적인 테러인지, 오폭인지, 쿠라키는 아내가 죽은 이유를 알 수 있도록 독자적으로 수사를 개시한다.논캐리어에서 잔다리 밟는 오스기 경위도 사건을 쫓는 과정에서 쿠라키와 부딪치면서도 협력해 가게 된다.한편 폭발사건 현장에 있던 명성 공안부 경사는 특별임무인 인물을 쫓고 있었다.그 인물은 프로 킬러, 니타니 카즈히코.신야는 사건 당일 사이버테러 그룹 간부 카케이 준조를 암살하려는 목적으로 미행하다 폭발에 휘말려 잠적한다.홈통은 폭발로 사망.신야는 지방에서 빈사 상태로 발견돼 기억상실증에 걸려 있었다.쿠라키, 오오스기, 아키라성은 츠시로 경시정의 지시 아래에서 공안부와 형사부의 테두리를 넘어 협력해, 사건의 열쇠를 잡는 중요 인물로서 신타니를 쫓는다.그리고 홈통 암살과 IC칩 회수를 의뢰했던 대기업 아테나시큐리티의 동쪽도 IC칩을 구하기 위해 신야를 쫓고 있었다.이윽고 쿠라키들은 폭발 전 홈통과 만났던 수수께끼의 여자의 존재, 치히로가 정신을 앓는 원인이 된 극비수사 그라크 작전의 진상, 꿈에 나타난 도시전설의 달마, 그리고 킬러 니이야=백설의 정체 등 무수한 수수께끼가 얽힌 뒤에서 국가 전복을 노리는 가공할 음모가 숨겨져 있음을 알게 된다.

Season 1의 라스트, 사르도니아 공화국 대통령 암살이 미수에 그친 공항 폭탄 테러 사건으로부터 반년 후, 쿠라키는 아내, 치히로가 정예 부대로 참가한 공안의 극비리 잠입 수사 그라크α 작전의 진상을 혼자서 쫓고 있었다.왜 6명의 잠입 수사관 가운데 치히로만 살아 돌아왔을까.억류된 공백 72시간의 진상을 풀 단서를 러시아 첩보원 이반 타일러가 쥐고 있다는 것을 알고 타일러의 정체와 소재를 가리기 위해 러시아 그루지브공화국에 정통한 자유기고가 나바시오리를 접촉한다.그 무렵, 홋카이도의 에너지 시설이 러시아의 무장 공작 그룹에 총격·폭파되는 사건이 발생한다.수사를 담당하는 명성그에게는 과거 우수한 공안경찰관이던 아버지가 있었지만 고등학생 때 갑자기 실종된 뒤 집에서 계속 울리는 무언전화가 사실은 아버지에게서 온 게 아니냐는 의혹에 사로잡혀 있었다.한쪽에선 목 뒤쪽에서 아이스픽 형태의 흉기로 살해된 시체가 발견된다.죽었을 니이야 히로미와 같은 수법을 의심스럽게 생각하는 쿠라키와 오스기, 그리고 아키라성은 폭파된 에너지 시설의 방범 카메라에 니타니와 같은 얼굴의 남자가 비치고 있는 것을 확인한다.그것은 히로미의 일란성 쌍둥이의 오빠로, 긴자 폭탄 사건 후에 입막음 때문에, 동쪽의 부하가 절벽에서 바다에 떠밀려 사망으로 여겨졌던 니타니 카즈히코였다.게다가 집념으로 타일러를 쫓는 쿠라키는 누군가의 함정에 빠져, 배후에서 차량째로 폭사한 모리하라 관방장관의 살해 용의로 지명 수배된다.그 뒤에는 공항 폭탄테러 사건의 진상을 알게 된 이케자와 공안부장이 새로운 음모를 추진하고 있었다.