《시간여행자》 시즌 3에서, 그랜트 매클래런과 미래에서 온 그의 정예 팀은 극한의 상황에 내몰린다. 충성심과 신뢰, 죽음과 마주하는 그들. 인공지능의 위력은 그 어느 때보다 커져만 간다. 이제 세상은 여행자들의 존재에 대해 알고 있다. 그러므로 팀원들은 여행자들에 관한 정보가 광범한 대중에게 알려지는 것을 막는 한편, FBI의 감시 아래 임무를 계속해야 한다. 또한 ‘파벌’을 제압하고 좀처럼 잡히지 않는 여행자 001을 추적하면서, 파멸의 미래로부터 인류를 구해야 한다. 그 과정에서 팀원들은 각자 고난과 위기를 맞는다.