슈퍼히어로들이 명성의 어두운 면을 즐기는 세상에서 '더 보이즈' 자경단은 투지와 기개만으로 슈퍼히어로의 부패를 처단하려 한다.

더 강렬하고 필사적인 '더 보이즈' 시즌 2에서 부처와 휴이, 그리고 팀원들은 시즌 1에서의 상실로 휘청거린다. 이들은 법의 망을 피해 슈퍼히어로와 맞서고, 영웅들을 관리하는 보우트는 슈퍼 빌런의 위협에 대한 공포심을 이용한다. 새로운 영웅 스톰프런트는 회사를 쥐고 흔들며 가뜩이나 불안한 홈랜더에게 도전장을 내민다.

지금까지는 평온한 1년이었다. 홈랜더는 얌전해졌다. 부처는 다른 사람도 아닌 휴이의 감독을 받으며 정부를 위해 일한다. 하지만 둘 다 이 평화와 고요 대신 피와 비명이 난무하는 싸움을 벌이고 싶어 안달이 났다. 그러다 수수께끼의 초능력자용 무기에 대해 알게 된 더 보이즈는 세븐과 충돌하고, 전쟁을 벌이며, 최초의 전설적 슈퍼히어로, 솔저 보이를 쫓게 된다.

세상은 멸망 직전이다. 홈랜더가 자신의 권력을 확고히 굳히는 가운데, 대통령 집무실에 그 어느 때보다 가까이 간 빅토리아 뉴먼은 홈랜더에게 좌지우지되고 있다. 살날이 몇 달밖에 남지 않은 부처는 베카의 아들과 더 보이즈 리더 자리를 잃었다. 다른 더 보이즈 멤버들은 그의 거짓말에 넌더리가 났다. 그 어느 때보다 많은 것이 걸려 있는 지금, 그들은 협동하는 법을 배우고 너무 늦기 전에 세상을 구해야 한다.