우스케는 어머니와 단둘이 살아가는 평범한 소년이었지만 끔찍한 사건을 겪으면서 어머니와 헤어져 혼수 상태에 빠진다. 미사키 마야라는 수수께끼의 소녀는 이런 쿄우스케를 구해 자신의 집으로 데려간다. 그곳에서 정신을 차린 쿄우스케는 그녀의 도움으로 체력을 회복해 가지만 이번에는 마야가 정체불명에 집단에게 납치된다. 그녀를 구하러 가던 쿄우스케는 자신을 가로막는 의사를 만난다. 위기의 순간에 다시 미부 시로라는 남자에게 도움을 받은 쿄우스케. 그러나 그가 왜 자신을 도와주었는지에 대해서는 알 수가 없었다. 마침내 쿄우스케와 시로는 마야를 찾아서 키리하라 그룹의 내부로 잠입해 들어간다. 그곳에서 쿄우스케는 놀랍게도 자신에게 여동생이 있으며, 그 여동생에게는 분신 같은 존재들이 있다는 것을 알게 된다. 게다가 마야는 그런 분신같은 존재중 하나라는 것도 알게 된다. 마야를 지키려던 쿄우스케는 자신마저 위험해처하자 최강의 뮤턴트인 소울 테이커로 변신하게 된다. 그러나 결국 그는 마야를 지키는데에는 실패한다. 이에 남은 여동생들의 분신만큼은 자신의 손으로 지키겠다고 결심한 쿄우스케. 그는 시로 및 나카하라 코무기라는 소녀와 함께 그의 여동생을 찾아서 떠나는데...