인간과 로봇이 서로 공존하며 살아가는 이상향 미래도시 네오토피아, 그러나 그 평화를 파괴하려는 침략자 다크액시즈가 차원을 넘어서 공격해온다. 네오토피아에 살고있는 10살 소년 슈트와 네오토피아를 지키기 위해 SDG 소속 로봇 캡틴 건담은 서로 만나 힘을 합쳐 다크액시즈를 처지하고, 그 와중에 다른 차원에서 나가떨어진 제로와 바쿠네츠마루를 만나 다크액시즈를 처지하여 서로 우정을 나누고, 확장해나가며 SDG 소속의 하로 장관의 제안으로 SD 건담포스가 탄생하게 되고, 건바이커, 마가렛 시장, 세라와도 만나서 친분을 쌓는다.