2014년, 기계를 싫어하는 고교생·나츠메 아키라는 자신을 바꾸고 싶다고 생각해 한 걸음을 내디딘다. 하지만, 트럭에 치인다. 그리고 2030년 도쿄 항만부, 미지의 병기 「EX-ARM」거래 현장에 잠입한 경찰·우에조노 미나미와 안드로이드·아르마의 콤비를 「EX-ARM」No.08을 장비한 적이 습격한다. 그녀들은 기사회생을 걸고, 적으로부터 빼앗은 「EX-ARM」No.00을 기동시키는데…!?