《은밀한 회사원》은 전 세계에 각종 음모론을 퍼트리는 일을 하는 그림자 정부를 배경으로 한다. 그리고 이 회사에서도 가장 문제 많은 팀의 이야기를 다룬 성인 애니메이션 코미디다. 복잡하게 은폐된 기밀, 은밀하게 움직이는 비밀 결사 조직, 그리고 가면을 쓰고 즐기는 난잡한 파티에서의 에티켓까지. 이 회사의 직장 문화를 체험하는 것은 꽤나 곤란하고 힘든 일이다. 반사회적 성향이 있는 IT 천재 레이건 리들리에게는 특히 더 괴롭다. 파충류로 변신하는 사람들과 초능력 버섯으로 가득한 이 이상한 직장에서조차, 그녀는 특이한 존재로 여겨진다. 세상을 더 나은 곳으로 바꿀 수 있다고 믿으니 말이다. 레이건은 진심으로 자신이 변화를 일으킬 수 있다고 생각한다. 만약 그녀가 미친 듯이 선언문을 써대는 불안정한 상태의 아버지와 무책임한 직장 동료들을 잘 관리할 수 있다면 말이다. 그리하여 마침내 꿈꿔왔던 승진의 기회를 낚아챌 수 있다면 가능하지 않겠는가?