암호가 섞인 예고장이 보내진 그곳에는 월하의 마술사, 괴도 키드가 나타난다. 세상을 떠들썩하게 만들며 인기를 얻고 있는 그의 정체는 에코다 고등학교 2학년 쿠로바 카이토. 수수께끼의 조직에 살해당한 세계적인 마술사였던 아버지 쿠로바 도이치의 뒤를 이어 사건의 진상을 파헤치기 위해 2대 ‘괴도 키드’가 되어 도이치가 쫓던 ‘빅 주얼’과 조직의 정체를 향해 다가간다. 이번에 그가 노리는 ‘빅 주얼’은 ‘대해의 기적’이자 ‘블루 원더’라고 불리는 전설의 아쿠아마린. 소노코의 친척이자 키드 체포에 열을 올리고 있는 스즈키 지로키치가 그에게 먼저 도전장을 내밀고, 언제나 그랬듯 괴도 키드는 모두의 예상을 뒤엎고 신출귀몰한 방법으로 나타나는데… 이를 막기 위해 불가능을 모르는 명탐정, 코난의 명추리가 펼쳐진다!