감옥을 탈출한 ‘슈레더’는 인간을 동물로 바꿀 수 있는 의문의 보라색 액체를 손에 넣어 막강 파워 악당을 만들어 내고 다시 한번 지구 정복을 꿈꾼다. 강력한 전투력, 끈끈한 유대로 뭉친 닌자터틀 4총사! 열혈 여기자 에이프릴 오닐과 하키 마스크를 쓴 케이시 존스와 함께 이들을 막기 위한 역대급 팀플레이를 펼치게 되는데...