코난과 유명한 탐정 일행은 보라의 초대로 초호화 유람선 아프로디테호의 처녀 항해에 함께하게 된다. 그러나 유람선 안에서 보라는 의문의 괴한에게 공격당하고, 이는 또다른 살인 사건으로 이어진다. 연이은 범인의 음모로 아프로디테호의 승객과 승무원들은 패닉에 빠지고, 미란에게도 최악의 위기가 닥치는데...