때로는 서기 2202년.그 장대한 편도 16만8000광년에 달하는 의자 캔 달에게의 대항해로부터 우주 전함 야마토가 귀환하고, 이미 2년--. 〈코스모 리버스·시스템〉에 의해 이전의 푸른 모습을 되찾은 지구는, 가미라스 제국과도 평화 조약을 체결. 부흥의 한편, 방위 때문에 최신예 전함 안드로메다를 포함한 신예 함대의 정비가 진행되고 있었다. 의자 캔 달의 스타 샤의 소원도 허무하고, 지구는 군비 확장으로의 길을 걷기 시작하고 있던 것이다. 과연 이것이, 둘도 없는 수많은 희생의 끝에 야마토가 완수한, 진정한 평화인 것인가? 우주의 평온을 바라는 여신 테레사의 기도가, 야마토를 새로운 항해에 권한다.지금, 우주를 석권하는 가트란티스의 위협이, 지구에 가까워지고 있었던--.