2201년, 지구를 위기에서 구한 야마토의 자리를 안드로이드메다가 대신한다. 어느 날, 먼 우주로부터 SOS 메시지가 도착하고 야마토는 백색혜성제국을 막아내기 위해 테레자트로 출항한다!