1746년 멕시코, 현상수배로 쫓기던 리온 알라스트라이는 급한 김에 성역인 프란체스코수도성당에 뛰어들어 정부군으로부터 벗어난다. 요셉신부는 알라스트라이를 당국에 인도하는 것을 거부하고 형벌로써 그를 이곳에서 멀리 떨어진 마을 세바스찬으로 보내기로 한다. 수도사의 복장으로 변장한 알라스트라이는 요셉신부와 함께 멕시코사막을 가로질러 황량한 마을에 도착하지만, 그 곳은 야키족 인디언들에 의하여 약탈당하고 있었다. 그들에 의하여 요셉신부가 죽으면서, 마을로 되돌아온 주민들은 알라스트라이를 성직자로 오인한다. 야키족과 손을 잡은 혼혈인 테클로는 마을사람들에게 그들의 신앙을 포기하지 않으면 더욱 거센 인디언의 공격이 있을 거라며 협박한다. 알라스트라이가 성직자가 아니라는 것을 알고 있는 마을의 한 소녀 키니타는 알라스트라이가 교수형을 당할 위기에서 구해주고 그에게 마을의 정신적인 지도자가 되어 달라고 설득한다. 알라스트라이는 농부들이 그들의 농작물을 위하여 관개시설을 확보하기 위해 댐을 건설하는데 협력을 하고 야키족이 다시 공격할 걸 예상하여 무기와 탄약을 얻기 위해 한 때 자신의 연인이었던 사령관의 아내 펠리치아를 움직인다. 마침내 인디언들이 마을을 기습하지만, 그들은 용감하게 반항하는 농민들과 알라스트라이의 댐 폭파에 의하여 대패하고 만다. 그리고 알라스트라이는 테클로와의 대결에서 그를 죽인다. 잠시 후, 정부군이 산세바스찬을 위해 진짜 성직자와 함께 도착하자, 알라스트라이에게 감사하게 생각하는 마을 사람들은 그와 키니타가 도주할 수 있게 돕는다