천 년 전, 불의 7일간으로 불리는 전쟁이 끝난 후 지구는 죽음의 행성으로 변했다. 점점 커지는 곰팡이의 숲인 부해가 유독가스를 내뿜어 사람이 살 수 있는 땅도 얼마 남지 않았다. 자연과 대화를 나눌 수 있는 특별한 소녀 나우시카는 그 중 깨끗한 바람계곡에서 살고 있지만 부해는 이곳마저 먹어치울 듯 가깝게 다가온다. 그러나 위기는 인간들의 다툼에서 시작된다. 군사제국 토르메키아가 불의 7일간을 초래했던 병기 거신병을 부활시키려는 계획을 시작했기 때문. 바람계곡은 분쟁에 휘말리고 나우시카는 토르메키아와 맞서는 도시 국가 페지테의 인질이 된다. 그 와중에 나우시카는 부해가 지구를 정화하고 있었다는 사실을 깨닫는데...