왓슨은 셜록 홈즈가 모리어티에게 죽은 지 6개월 후를 배경으로, 존 왓슨이 희귀 질환 치료에 전념하는 클리닉의 수장으로 돌아오며 시작된다. 그러나 그의 과거는 아직 끝나지 않았다.