검은 조직의 약물에 당해서 초등학생의 몸이 된 고등학생 쿠도 신이치가 에도가와 코난이라는 가명을 사용하여 소꿉친구인 란의 아버지가 운영하는 탐정사무소에서 얹혀 살며 사건을 해결하는 이야기를 다루고 있다.